冯友兰的道德观、境界说与他自己坚持的“不着实际”的形式的逻辑分析方法有很多不能自圆其说并且自相矛盾之处。关于这一点，他也有自觉。因此在《新知言》一书中，他指出形而上学的两种根本方法：一是“正”的方法，也就是《新理学》一书中所说的“纯思”的逻辑分析方法；二是“负”的方法，也就是传统哲学中的直觉的方法。像冯友兰自己所意识到的，其“新理学”体系中的四个观念中，“气”、“道体”、“大全”都是不可思议、不能言说的，但只有说清楚以后才能保持沉默。“说清楚”与“静默”正是“正”与“负”两种不同方法的运用。在《新知言》的最后一章中，冯友兰把“诗学”作为其形而上学的方法的最终归结，有他的深刻性。
冯友兰在《新原人》中的一段话：“其引古人之言，不过与我今日之见相印证，所谓六经注我，非我注六经也。”“我注六经”是我为六经服务，而“六经注我”，则是六经为我服务。
冯友兰把第二次世界大战以前中国的哲学研究分成两大营垒：北大着重历史发展的研究，而清华则强调哲学问题的逻辑分析。冯友兰是清华学派的代表，他自称“我在《新理学》中所用的方法完全是分析的”。这种所谓“完全分析”的方法是把中国哲学中的一些概念诸如“理”、“气”、“仁”、“义”等，视为一个理解的“对象”而进行“解剖”。
冯友兰在《新原人》第七章“天地”中，指出宗教和哲学的基本不同。他说：“宗教使人信，哲学使人知。”在冯友兰的哲学体系中，他谨守着“知”和“信”的分际。从他的《贞元六书》中可以清楚地看出，冯友兰的兴趣在“知”，不在“信”。一般人在研究哲学问题时，因为不能有意识地区分“知”和“信”这两个范畴，由“知之深”，在不知不觉之间，转成了“信之坚”。当然，也有人往往把“信之坚”误认为“知之深”。