1925年，清华发生了一件对中国学术影响深远的大事：成立了“清华国学研究院”。研究院的宗旨是用现代科学的方法整理国故，培养“以著述为毕生事业”的国学人才。当时的清华是个留美预备学校，留美预备学校来办国学院，这本身就是要吸收西学来建设自己的文化。
新成立的国学研究院有四大导师：第一位是开创用甲骨文研究殷商史的王国维；第二位是戊戌变法的核心人物，著述等身的梁启超；第三位是从哈佛大学回来的著名语言学家赵元任。三位导师性格各异，但都大名鼎鼎。而四大导师中最晚到校的陈寅恪，在当时并不出名。
陈寅恪很幽默。因为四大导师中的梁启超是“南海圣人”康有为的弟子，王国维是末代皇帝的读书顾问，于是陈寅恪就给学生们送了一副对联：
南海圣人再传弟子，
大清皇帝同学少年。
令师生们惊叹的是陈寅恪的博学。他在课堂上讲授的学问贯通中西，他在课余分析各国文字的演变，竟把葡萄酒原产何地，流传何处的脉络，给学生讲述得一清二楚。他上课时，连清华的教授们也常来听。有人称他为“活字典”，也有人称他是“教授的教授”。
当时，冯友兰先生是大学者，名气比陈寅恪响亮得多，但冯友兰在陈寅恪面前也是毕恭毕敬，以学生自居，这连当时的学生们都能感觉到。
当年的华北学术界分成两派，一派是本国培养的学者，另一派是有留学经历的。本土派认为，洋派不懂国情，你的学问再高，也是隔靴搔痒，解决不了中国问题。留洋派就觉得本土派太迂腐，眼光太狭，不掌握现代化的工具，因而两派互相瞧不起。但不管是哪一派，谁都不敢瞧不起陈寅恪，这在学术界堪称传奇。
发掘、使用原始材料，是陈寅恪的治学原则之一。他恪守乾嘉学者和德国米勒诸学者重视使用第一手资料的传统和经验，强调以原始材料为支点来做研究。他指出做学问不把基本材料弄清楚便急着要论微言大义，所得的结论往往站不在。与陈寅恪学风相近的傅斯年曾提出过一个著名观点：有一分材料说一分话，有十分材料说十分话，没有材料不说话。
1930年，陈寅恪在《陈垣〈敦煌劫余录〉序》一文中，提出了一个著名的观点：“一时代之学术，必有其新材料与新问题。取用此材料以研究问题，则为时代之新潮流。治学之士，得预此潮流者，谓之预流。”去浮华、疾虚妄、取信征实、厚积薄发，取用新材料以研究问题，是陈寅恪一贯的优良学风。
陈寅恪长女流求曾回忆，陈寅恪在清华后期，生活紧凑而有规律。“父亲每天出门总是夹着个布包袱，包着书本。晚上照例伏案工作。父亲从不满足自己掌握的治学工具，每逢星期六上午，不分寒暑都进城到东交民巷找一位叫钢和泰的外籍教师，学习梵文。”陈寅恪还不时在家里书房朗诵梵文经典拓片，侄儿封雄幼时曾亲聆“梵音”，并问：“叔叔，你念的是什么咒？”引得众人大笑不止。除却学习梵文，陈寅恪还常乘车到大高店军机处看档案，清时机密文件都以满文书写，他一本一本看，如遇重要的，就随手翻译出来。